部屋の用途・内容に応じてフロアを振り分けた、明快な構成です。
琵琶湖文化館の大きな特徴として、県内最大級の収蔵庫とは別に、文化財緊急保管庫を設けています。災害等により、破損の恐れのある地域の文化財を他の収蔵品と区分して、搬入口から直接つながり、緊急的・一時的に、保管することができます。